Em meados do século XVIII, existiam na região três irmãos fazendeiros, donos da Fazenda do Sobrado. Havia também um homem dado à valentia, chamado Francisco Viçoso, que vivia em constantes desavenças com os demais habitantes. Sua fazenda ficara conhecida como Fazenda das Contendas, tantas eram suas brigas constantes.
O Visconde de Barbacena, sabendo dos fatos, obrigou o valente fazendeiro a emigrar. Seus parentes, segundo a tradição, mandaram levantar uma capela em honra a Nossa Senhora do Desterro, em decorrência do acontecido.
Em torno desta capela cresceu e prosperou o atual município de Desterro de Entre Rios, que tomou esse nome em virtude de ter sido distrito do município de Entre Rios de Minas.
O primeiro nome de Desterro de Entre Rios foi Capela Nova. O município foi criado pela lei n° 1039, de 12 de dezembro de 1953, com território desmembrado de Entre Rios de Minas.
O município de Desterro de Entre Rios integra o Circuito Estrada Real.